A Universidade Estadual do Norte Fluminense surge do processo de expansão do ensino público e gratuito para o interior do estado do RJ. Leonel Brizola, recém-empossado governador, iniciou a implantação da UENF em 1991, delegando ao professor Darcy Ribeiro a tarefa de elaborar o modelo e coordenar a implantação.

A Universidade do Terceiro Milênio de Darcy Ribeiro era composta por laboratórios temáticos e multidisciplinares como uma célula da vida acadêmica. Essa estrutura permanece até hoje. A UENF foi também uma das instituições pioneiras na oferta de cursos de graduação a distância, sendo responsável, no início de 2002, pelo primeiro curso de graduação a distância (em Biologia) implantado no país.