A história do IFFluminense começou no século passado, com o ex-presidente Nilo Peçanha, que criou (com o Decreto nº 7.566/1909) as Escolas de Aprendizes Artífices, com o objetivo de educar e dar oportunidade de trabalho a jovens de classes menos favorecidas. Em 1945, a escola passou a se chamar Escola Técnica Federal de Campo (com o Decreto nº 4.073/1942), permitindo a continuidade dos estudos de formação profissional em nível de ensino médio. De acordo com a Lei nº 9.394/1996, em relação à reforma do ensino resultante da Lei de Diretrizes e Bases, em 1998, a Escola implementou seu primeiro curso superior de Tecnologia em Processamento de Dados. Em 1999, a Escola Técnica passou a se chamar Centro Federal de Educação Tecnológica de Campos. No processo de expansão da Educação Profissional e Tecnológica, o Governo Federal instituiu a Rede Federal de Educação Profissional, Científica e Tecnológica e criou o Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia Fluminense (Lei nº 11.892 / 2008).

Atualmente o IFFluminense está presente em 11 municípios do estado, com 12 campi, um Polo de Inovação, um Centro de Referência em Tecnologia, Informação e Comunicação em Educação e a Reitoria, reunindo 18.051 alunos, 945 docentes e 713 servidores técnico-administrativos (dados de 2019). Sua distribuição no estado ocorre na região metropolitana (em Itaboraí e Maricá), nas Baixadas Litorâneas, em Cabo Frio e no Norte Fluminense (Campos dos Goytacazes, São João da Barra, Quissamã e Macaé) e no Noroeste Fluminense (Bom Jesus do Itabapoana, Itaperuna, Cambuci e Santo Antônio de Pádua). O IFF tem 79 cursos técnicos, tanto presenciais quanto a distância, 32 cursos superiores, incluindo tecnólogos, bacharelados e licenciaturas, 15 cursos de especialização, 7 cursos de mestrado profissional e 1 doutorado profissional.